この教会が創建された背景には過酷な環境の中で生き抜いたこの島の潜伏キリシタンたち17世帯の歴史が刻まれています。野崎島の中心部にある野首の一体は、1716年（享保元年）、江戸初期に壱岐から小値賀に移り住み、捕鯨、新田開発や酒造業を営み小値賀に大きな富をもたらした豪商、小田家が開墾したという記録が残されています。しかし開墾したもののそこから人が住み着くことはありませんでした。急な斜面で人々が暮らしていくには厳しい土地だと判断したのでしょう。

それから80年あまり月日が流れた1797年（江戸後期・寛政9年）、五島藩が土地開拓の為の民を大村藩に依頼し、外海（そとめ）地区から100名ほどの人々が海を渡りました。そのほとんどが、当時行われていたキリシタン摘発から比較的逃れやすいとされた新天地「五島」での暮らしを望んだ潜伏キリシタンであったと云われています。そして外海から野崎島に渡った2組の家族が、野首集落に住み着くことになりました。

人々は急な斜面、風の吹き付ける厳しい環境で苦労して野首の地区を切り開き、ひっそりと祈りの暮らしを続けていました。しかし、禁教の世の悲劇は、野崎の人々にも訪れます。

1865年（元治2年）、大浦天主堂での「信徒発見」の知らせは野首の信者たちにも届き、翌年、長崎県の大浦天主堂を訪ね、その後一部の人々は洗礼を受けたと言われています。しかし禁教の世の中、その信仰の復活は小値賀の押さえ役所の知る所となり、野首で8戸と舟森で7戸の50数人全員が平戸に連行され、強制改宗を迫る拷問を受けました。拷問に絶えかねて島民たちは改宗を申し出、翌年に野崎島に帰ることを許されました。しかし戻った彼らが目にしたのは、荒らされた集落と家財道具などすべて略奪された我が家でした。迫害から解放されたのは1873（明治6年）2月の高札撤去後でした。キリシタンたちは、長きに絶えた潜伏の時を経て、ようやく信仰を公にすることができるようになりました。

信仰の自由を手に入れた信者たちは、1882（明治15年）年に木造の教会堂を建てました。その後、集落に住む17世帯で本格的なレンガづくりの教会を建築することを計画します。当初は、小値賀島で資金借用をしようと願い出ますが、教会建設の為と聞くと即座に断られます。しかし信者たちは諦めませんでした。建設費を捻出するために共同生活を始め、大人は1日2食と生活を切り詰め、キビナゴ漁などで資金を蓄えました。また、建設の際には建築資材を運ぶなど、教会の完成のため一丸となりました。そしてついに1908年（明治41年）10月、教会建築の名工・鉄川与助の設計施工による野首教会が完成します。総額はおよそ3,000円。現在のお金に換算すると2億円ほどの価値があるといわれています。「たった17戸の集落で、これほどの資金を払う事が出来るのか？」工事に関わった人々の中には不安を感じる人もいたそうですが、信者たちは落成の日、1円のの不足もなく現金で支払いをしたといわれています。

厳しい弾圧に耐え、故郷から遠い未開の土地へ移り住みひそやかに暮らしてきた人々にとって、海に向かって堂々と佇む野首教会の姿は、信仰を貫いた精神の象徴として、誇りに満ちて目に焼き付いたことでしょう。

時代の流れとともに、野崎島の人口流出は続きました。野首の南側にあった舟森集落も、戦後は34戸が暮らす集落でしたが、1965年（昭和40年）には13世帯までに減り、翌年1966年（昭和41年）に最後の住民45人が小値賀島に集団離村し、無人の地になりました。野首集落では、戦後28戸171人が暮らしていましたが、1970年(昭和45年)には6戸28人のみとなり、翌年1971年（昭和46年）には最後の6家族が島を離れ、野首集落は廃村となり、一時期は荒れ果てた状態にありました。

教会としての役目を終え、人々の消えた集落に佇みつづけた旧野首教会は、その後、小値賀町が重要な文化財として1985年（昭和60年）に全面改修し、1989年（平成元年）には長崎県指定有形文化財に指定されました。
2007年（平成19年）には、野首・舟森集落跡とそれを結ぶ里道を加えた「野崎島の野首・舟森集落跡」が「長崎の教会群とキリスト教関連遺産」としてユネスコの世界遺産暫定リストに追加されています。※2016/9より資産名称は「野崎島の集落跡」及び「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」に名称変更。
また、平成23年(2011)には「小値賀諸島の文化的景観」として国の重要文化的景観に選定されています。

人々の祈りが刻み込まれた旧野首教会は、その歴史的価値を後世に伝える為、現在も野首の高台から海を見つめています。