1908（明治41）年、教会建築の名工、鉄川与助によって設計・施工されたものとしては初のレンガ造りの教会。 教会建築が木からレンガに変わる時期の建築で、創建当時の原形が保たれており、 全国の教会の中でも秀逸したものと高い評価を受けています。 廃村となり、一時期は荒れ果てた状態にありましたが、 小値賀町が重要な文化財として昭和60年に巨額を投じて全面改修し、現在に至っています。 平成元年3月に県の文化財に指定され、平成19年には 「長崎の教会群とキリスト教関連遺産」としてユネスコの世界遺産暫定リストに追加されました。

　この教会が創建された背景には過酷な環境の中で生き抜いたこの島の隠れキリシタンたち17世帯の歴史が刻まれています。 　ほぼ無人状態の島になってしまった今もなお人々の祈りの象徴として、小高い丘の上からこの集落を見守っています。